На столике у окна в кабинете стоят часы, остановленные на дне и часе смерти писателя: 28 января 1881 года. Они принадлежали младшему брату Достоевского, Андрею Михайловичу. Кабинет восстановлен по фотографии, сделанной после смерти петербургским фотографом Вольдемаром Таубе, и часы в нём — единственный механизм, который показывает не время, а его отсутствие.
Семья переехала в дом на углу Кузнечного переулка и улицы, носящей теперь его имя, в начале октября 1878 года. Квартира из 6 комнат с 7 окнами на переулок была выбрана не из прихоти: весной того же года умер трёхлетний сын Алёша, и оставаться в прежнем доме, где всё напоминало о мальчике, родители не могли. Дом был доходным: его построили в первой половине девятнадцатого века, а в 1882 году частично перестроили. Здесь Достоевский написал «Братьев Карамазовых» и подготовил Пушкинскую речь.
Работал он по ночам, с 11-12 до 5-6 утра: тишина в доме наступала только тогда. Просыпался около часа дня, заваривал чай в столовой, днём занимался издательскими делами, в шесть садился обедать, после восьми уходил гулять. В кабинет редко допускали посторонних: родные вспоминали, что он не выносил, когда сдвигали стул или перекладывали бумаги. На столе лежат ручка с пером, коробочка из-под лекарства и бумажник, в углу — икона «Божия Матерь Всех Скорбящих Радость» в серебряном окладе.
Мемориальная часть открылась 11 ноября 1971 года, к 150-летию со дня рождения. Квартиру восстанавливали по архивным планам и воспоминаниям: в советские годы в доме были обычные коммунальные квартиры, а мемориальная доска появилась на фасаде в 1956 году. Основой собрания стала коллекция внука писателя, Андрея Фёдоровича.
Вторая часть музея — литературная экспозиция, третья по счёту; она открылась 9 февраля 2009 года. Здесь обстановку уже не восстанавливают, а показывают, как читали и понимали Достоевского. Разделение честное: квартира остаётся неподвижной, а разговор о книгах меняется вместе с поколениями исследователей. При музее работает театр, который ставит спектакли по его романам и повестям.
Самые ценные вещи писателя оказались в Москве: собранные Анной Григорьевной материалы она передала в Музей памяти при Историческом музее; в 1928 году эта коллекция стала основой московского Музея Достоевского, а в 1929-м перешла в музей-квартиру. В Петербурге поэтому многое воссоздано — и это не недостаток, а сюжет. Дом на Кузнечном рассказывает не о том, что сохранилось, а о том, что пришлось собирать заново.