В центре Малахитового зала стоит глыба уральского малахита весом 1504 килограмма. Камень добыли на Гумёшевском руднике, владелец рудника поднёс его императрице, а Екатерина Вторая распорядилась передать глыбу Горному училищу. С этого дара началось собрание, которое сегодня занимает залы вдоль Невы в здании Горного университета.
Музей и училище появились в один день — 21 октября 1773 года. Первый устав называл собрание «минеральным кабинетом российских и иностранных минеральных и ископаемых тел» и требовал держать его «во всегдашнем порядке». Оговорка в уставе важная: кабинет существовал не только для студентов и преподавателей, но и для «любопытных посетителей». Владельцам рудников, копей и заводов вменялось в обязанность присылать сюда самые примечательные образцы, так что музей пополнялся не столько покупками, сколько повинностью. В 1777 году кабинет показали шведскому королю Густаву Третьему, и тот прислал в ответ 202 образца руд и камней.
К середине 1780-х кабинет перестал помещаться в отведённых комнатах. В 1787 году для него выстроили отдельный корпус, на втором этаже которого открылся Колонный зал. Уже в 1794 году музей описал Иоганн Готлиб Георги в первом путеводителе по городу: он отметил систематический порядок минералов и особенно сильное собрание кобальтов. К концу управления училищем Петром Соймоновым в кабинете числилось больше 30 000 экспонатов.
В 1802 году Александр Первый выделил из казны 50 000 рублей на покупку коллекции английского собирателя Джона Форстера — с самородками золота, платины и серебра. Новый корпус по проекту Андрея Воронихина достроили к 1811 году: двенадцатиколонный дорический портик обращён к Неве, а по краям фасада стояли скульптурные группы «Поединок Геракла с Антеем» и «Похищение Прозерпины». Оригиналы сняли, на их месте теперь копии.
Сегодня в залах показывают 2150 минеральных видов, больше 800 метеоритов, кристалл горного хрусталя весом 500 килограммов, который хранится здесь с 1822 года, и дымчатый кварц весом 800 килограммов. В зале горнозаводской техники стоят действующие модели, а в зале геологии города — мраморы и граниты, которыми отделаны фасады и станции метро. Город оказывается внутри музея: его набережные и подземные вестибюли собраны из тех же пород, что лежат в витринах.
У каждого камня здесь есть адрес — рудник, прииск, месторождение. Поэтому собрание читается как кадастр: за образцом стоит место, откуда его привезли. Глыба малахита в центре зала — не украшение, а документ с точной пропиской.