У этого музея четыре корпуса, и все они сами по себе памятники: кирпичные здания, построенные в конце тридцатых — начале сороковых годов девятнадцатого века для тюрьмы. Экспозиция открылась здесь в 2011 году, после двух лет реставрации, и стала первым выставочным объектом музея-заповедника «Остров-град Свияжск».
Первый корпус рассказывает, как появился город. Крепость срубили за сотни вёрст отсюда, в угличских лесах, разобрали, погрузили на суда и сплавили по Волге, а на Круглой горе собрали за четыре недели. По мнению исследователей, это был первый в русском крепостном деле опыт сборной стройки: город приехал готовым, и укрепления его превышали размерами Московский кремль.
Собрали крепость в 1551 году, а простояла она около века. Потом дерево обветшало, стены заменили острогом, острог тоже не удержался, и к концу восемнадцатого века от укреплений не осталось ничего. Зато город успел стать первым православным городом в Среднем Поволжье — тем местом, откуда христианство шло дальше по Волге, — и это тоже отдельная тема здешней экспозиции.
Второй корпус ведёт рассказ в век двадцатый. Здесь о том, что городом Свияжск перестал быть в 1932 году, а в пятидесятые, после постройки Куйбышевского водохранилища, вода поднялась, низменная часть ушла под неё, а нагорная оказалась на острове. Свияжск перестал считаться городом и стал селом, причём это не метафора, а запись в документах. В советские годы храмы были закрыты и служили складами, а в Успенском монастыре с пятьдесят третьего по девяносто четвёртый год работала психиатрическая лечебница; музей-заповедник появился только в 2009 году. Добраться до него можно было только по воде, и так продолжалось десятилетия, пока в 2008 году не насыпали дамбу с мостом. После дамбы сюда поехали экскурсии, и жизнь на острове пошла иначе.
Сам музей-заповедник появился в 2009 году, и экспозиция занимает три корпуса из четырёх. Кроме этого музея в его комплекс входят музей художника Геннадия Архиреева, музей археологического дерева и выставочный зал, а на территории стоят обе обители, Троицкая церковь и Собор иконы «Всех Скорбящих Радость».
Тюремные корпуса оказались удобны для музея: толстые стены, большие окна, длинные коридоры, по которым удобно вести экскурсию. Город, который строили как крепость, а потом приспособили для невольных людей, теперь рассказывает о себе самом — и делает это в тех же палатах, где раньше запирали.