Колокольня Софийского собора видна из многих точек исторического центра. При высоте 78,5 метра она остаётся самым высоким зданием Вологды и считается самой высокой колокольней в епархии. Нынешний облик сложился в 1869—1870 годах, когда по проекту архитектора Владимира Шильдкнехта над старым основанием поднялась псевдоготическая башня со стрельчатыми арками и позолоченным куполом. Девятнадцатый век любил переодевать церковную архитектуру в рыцарские формы, и вологодская вертикаль сделана по тем же правилам.
Нижние 17 метров старше верха на 2 столетия: каменную колокольню поставили в 1654—1659 годах на месте 3 деревянных, горевших одна за другой. Первая сгорела 22 сентября 1612 года, когда город разорял отряд польско-литовских интервентов. Вторая, восьмиугольная, с шатром, часами и 11 колоколами, известна по писцовой книге 1627 года и погибла в пожаре 1636 года. Камень для стройки брали из недостроенной крепости Ивана Грозного — кремль, разобранный позже до основания, продолжился в колокольне.
В 1860-х годах при епископе Палладии шатровый верх и звон разобрали, оставив только нижний ярус. Новый верх поднял башню на 32 метра. Прежний силуэт сохранила колокольня Владимирских церквей, построенная в 1680-х годах по образцу Софийской: тяжёлый восьмерик, крутой шатёр, маленькая главка — по ней видно, как выглядела Вологда до перестройки.
Колокола собирали столетиями. Самый старый, «Часовой», отлит в 1627 году. «Большой», он же «Праздничный», весом 462 пуда, — в Любеке в 1687 году; «Большая лебедь» 1692 года — работа Ивана Моторина, того же мастера, что отлил Царь-колокол. На башне 26 колоколов, и все, кроме самого маленького, уцелели. Отливали их голландские, русские и немецкие мастера.
Отдельная история — как их сберегли. В 1701 году по стране описывали колокола, чтобы забрать часть меди на военные нужды. Вологда вместо софийских отправила в Москву 2 битых колокола и разную медь с оловом, а в 1702 году получила в подарок 2 новых. Звон прекратился после революции и вернулся в 1989 году — колокола Софийского собора снова звучат над городом.
В декабре 1871 года на башне поставили часы с 4 колоколами, а в верхнем ярусе устроена смотровая площадка. С высоты заметно, как улицы расходятся от кремля лучами. Внизу — собор, река, вал и ров; город читается по слоям, и каждый век оставил свой. Колокольня в этом чтении служит закладкой: по ней сверяют не время, а масштаб.
