В тысяча шестьсот восемьдесят пятом году в этой обители открыли школу, где греческие монахи Иоанникий и Софроний Лихуды учили детей «эллинской премудрости». Учились здесь и дети простолюдинов, и отпрыски знатнейших фамилий; курс был рассчитан почти на пятнадцать лет, а через два года после открытия в школе числилось больше ста восьмидесяти человек. Через два года школу перевели к Заиконоспасскому монастырю, и она стала Славяно-греко-латинской академией — первым высшим учебным заведением страны — так считается.
Сам монастырь старше: его основал в конце тринадцатого века московский князь Даниил Александрович, и он считается вторым по древности в Москве после Даниловского. По преданию, одним из игуменов здесь был Стефан — старший брат Сергия Радонежского, а будущий митрополит Алексий принял в этой обители постриг в тысяча триста тринадцатом году. Для города, который ещё только складывался, это был один из первых духовных центров.
Собор перестраивали несколько раз. Первый каменный храм поставили в тысяча триста сорок втором году на деньги боярина Протасия, но пожары и Смута сделали своё дело: в начале семнадцатого века монастырь разграбили и сожгли, а новый собор возвели в двадцать четвёртом году при Михаиле Фёдоровиче. Нынешнее здание появилось в конце века, в стиле нарышкинского барокко, на средства Натальи Нарышкиной и князей Голицыных с Долгоруковыми. В него перенесли Казанскую икону, которая в Смутное время была в ополчении Минина и Пожарского.
Под нижним храмом до тридцатых годов прошлого века находился некрополь знатных родов — Голицыных, Шереметевых, Долгоруковых, Салтыковых. Там было больше ста пятидесяти могил, а надгробие фельдмаршала Михаила Голицына создал французский скульптор Жан-Антуан Гудон. В тысяча девятьсот тридцать пятом памятник перенесли в Донской монастырь — так он и уцелел.
В тысяча восемьсот двенадцатом году, перед вступлением французов, архимандрит вывез ризницу, а остальные ценности спрятали в стене. Когда Кремль взрывали, в соборе выбило окна и погнуло крест на колокольне; храм отремонтировали и освятили заново.
Формально монастырь закрыли в тысяча девятьсот девятнадцатом году, окончательно упразднили в тысяча девятьсот двадцать девятом, колокольню и часть построек разобрали. Собор вернули церкви в девяносто первом, но монастырь так и не возобновили: сегодня это приходской храм в переулке Китай-города. Стоит зайти внутрь и вспомнить, что здесь когда-то начиналось российское образование — в комнатах, где теперь идёт служба.