Под полом этого собора — усыпальница: дочь Ивана Третьего, жена Ивана Четвёртого и первая жена князя Владимира Старицкого. Вдова царя Василия Шуйского была здесь пострижена и погребена, но позже её перезахоронили в Москве. Почти все они оказались здесь не по своей воле: сюда отправляли бесплодных, неудобных, опальных — тех, кто мешал династии.
Обитель на правом берегу Каменки основана в 1364 году князем Андреем Константиновичем — так говорит житие Евфимия Суздальского, хотя документов четырнадцатого — пятнадцатого веков в архиве не сохранилось. Расцвет пришёл при Василии Третьем: на его вклад в начале шестнадцатого века построили каменный собор и Святые врата. Строили его в 1510–1518 годах неизвестные мастера на месте более древнего деревянного храма. В шестнадцатом — семнадцатом веках обитель была одной из крупнейших на Руси.
Массивный четырёхстолпный храм на высоком цоколе. С трёх сторон — двухэтажная открытая галерея, куда ведут две крытые лестницы. Храм трёхглавый, с тремя апсидами: окна прорезаны глубоко, над закомарами поднимаются шлемовидные главки. По фасаду идёт аркатурно-колончатый пояс, порталы набраны перспективными арками с дыньками. Внутри стены оставались белыми, без росписи, пол был вымощен чёрной керамической плиткой. С северо-запада — шатровая колокольня: её нижняя часть — церковь Происхождения честных древ креста 1515 года, надстроенная шатром в конце семнадцатого века.
Первой знаменитой узницей стала Соломония Сабурова, жена Василия Третьего, обвинённая в бесплодии и постриженная в 1525 году под именем Софии. Легенда говорит, что она была уже беременна и родила здесь царевича Георгия, который будто бы вырос в лесах и стал разбойником Кудеяром. В 1934 году реставратор А. Д. Варганов вскрыл гробницу предполагаемого царевича и нашёл, по его словам, только детскую рубашку; протокола не сохранилось, и спор о том, что скрывает пол, тянется до сих пор.
В 1923 году монастырь закрыли. С 1933 здесь помещалась секретная лаборатория ОГПУ: заключённые специалисты разрабатывали бактериологическое оружие и ставили опыты на людях, а побочным итогом стала вакцина против туляремии, созданная в 1935 году. В 1980-е в стенах жил туристский комплекс, в соборе давали концерты. Монашеская жизнь вернулась в 1992, а первоначальный облик храму вернула реставрация 1962 года.
Собор не рассказывает историю красками — её рассказывает усыпальница под полом: короткий список имён, каждое из которых когда-то было слишком опасным, чтобы оставить его при дворе.
