Официально он называется Вологодским государственным историко-архитектурным и художественным музеем-заповедником, а в городе его зовут просто краеведческим. Сегодня это больше 40 памятников архитектуры общей площадью свыше 9000 квадратных метров и около 200 тысяч посетителей в год. Экспозиции занимают корпуса Архиерейского двора, а сам двор открыт для осмотра — с оградой, башнями и воротами.
Начало собранию положили несколько разных учреждений. В 1875 году в домике Петра Первого открылся первый городской музей с вещами петровской эпохи. В конце девятнадцатого века по инициативе Николая Суворова появилось епархиальное древлехранилище — иконы, деревянная скульптура, рукописи; его поместили в надвратной Воздвиженской церкви. В 1911 году к ним добавились картинная галерея и музей родиноведения.
В 1923 году все музеи города объединили в один, а в 1988-м на его базе учредили музей-заповедник. К 2005 году собрание насчитывало 445 917 единиц хранения, из них 281 764 — основной фонд. Рост был стремительным: в 1966-м в фондах значилось 146 714 предметов, в 1998-м — около 400 тысяч. Такой объём сложился не только из покупок и даров, но и из вещей, собранных в церквях и монастырях в двадцатые и тридцатые годы.
Самыми известными предметами собрания считаются иконы. «Зырянская Троица» и «Богоматерь Умиление Подкубенская» датируются четырнадцатым веком. Рядом — лицевое шитьё, деревянная скульптура, облачения и пелены из мастерских Строгановых и северных монастырских светлиц. Отдельная коллекция — больше 2,5 тысячи предметов, плетённых на коклюшках, в том числе золотного плетения восемнадцатого века.
Здания задают маршрут по музею. В Симоновском корпусе размещены отделы природы и истории, в Трёхэтажном — древнерусское искусство, художественные промыслы и народное искусство, в юго-западной башне — постоянная экспозиция. Экономский корпус 1659 года считается древнейшим каменным гражданским зданием Вологды и сохранил палату с росписью семнадцатого века. Филиалы есть в городе и области: Дом Петра Первого, Музей кружева, «Мир забытых вещей», «Вологодская ссылка», Дом Можайского, выставочный комплекс и архитектурно-этнографический музей в Семёнкове.
Отдельная тема — письменные источники. Самая ранняя рукопись собрания — ставленная грамота митрополита Симона 1501 года, выданная дьяку, которого посвящали в иеромонахи. Кроме неё хранятся кириллические книги, рукописи с миниатюрами, гербарии и палеонтологические находки. Музей в Вологде складывался как хранилище того, что выносили из закрытых храмов и усадеб, и этот принцип заметен в составе фондов до сих пор.