Дату постройки этой церкви нашли не в архиве, а в книге. В частной коллекции обнаружился «Требник», отпечатанный в 1698 году, а на его страницах — вкладная запись: в августе 1701 года царица Марфа Матфеевна пожаловала книгу в «новопостроенную» церковь «во граде Суздале на Борисове стороне». Слово «новопостроенная» и решило загадку: храм возвели в 1700 или 1701 году. Долго считалось иначе — по архитектуре его относили то к концу семнадцатого века, то к 1749-му. Помогла и вторая находка: запись 1702 года в «Учительном Евангелии» виленского издания 1595 года, где церковным старостой назван Спиридон. Обе записи — из частных собраний, и выходит, что история храма держится на двух случайно уцелевших страницах.
История места при этом старше храма. Жалованная грамота 1578 года упоминает здесь Борисоглебский монастырь «да слободу Борисову сторону». В описи 1617 года монастыря уже нет — вероятно, его сожгли в Смуту. Писцовая книга 1628–1629 годов описывает за Каменкой монастырь архиепископа Иосифа с двумя деревянными церквями, Благовещения и Николы.
Нынешний храм — красный кирпич и московское барокко, стиль для Суздаля нетипичный. Восьмерик поставлен на мощный четверик, с востока пристроена апсида, с запада — невысокая трапезная, к которой примыкает четырёхгранная колокольня со шпилем и большими проёмами в ярусах звонов. Фасады держат резные наличники, пилястры и портал. Внутри сохранилась роспись восемнадцатого и девятнадцатого веков.
Строили церковь стараниями митрополита Илариона — при нём же сложился ансамбль кремля. А в 1923 году храм закрыли, и Суздальский музей предлагал разобрать его вместе с другими церквями на строительные материалы, в том числе на городскую баню. Зимнюю Никольскую церковь 1718 года, стоявшую рядом, к 1937-му разобрали; Борисоглебскую участь миновала. Десятилетиями она пустовала, а в 1961 году её отреставрировали под руководством А. Д. Варганова.
В 2017 началась капитальная реставрация: заменили окна и купола, подвели коммуникации, сделали иконостас и роспись, обновили фасад. Реставрацию поддержал меценат Александр Шишкин. 3 октября 2021 года митрополит Владимирский и Суздальский Тихон освятил храм — уже в честь иконы Божией Матери «Живоносный Источник».
Так у этой церкви оказалось два имени и две даты: одна записана в книге, другая — в архитектуре. И то, что храм стоит у самой воды, рядом с музеем деревянного зодчества, читается теперь как продолжение старой истории Борисовой стороны.